أما في مجال الكتل الحيوية فمهامه هي دراسة مكامن الكتل الحيوية وتقديرها على المستوى الجهوي وكذا استغلال وتثمين النفايات العضوية لأغراض طاقوية، بيئية وزراعية.مشاريع البحث المُسجّلة في برنامـــج القسم تتناول التطبيقات التي لها أثر مباشر علـــــــــى التنمية الاجتماعية والاقتصادية المستدامة للمناطق الصحراوية المعزولة وتتمثل في ما يلي:

• التقطير الشمسي.
• التسخين الشمسي للمياه الصحية والصناعية.
• تدفئة وتلطيف المباني.
• الطّبخ الشمسي.
• التجفيف الشمسي للمحاصيل الزراعية وكذا النباتات الطبية والعطرية.
• تدفئة وتلطيف البيوت البلاستيكية الفلاحية.
• تقدير مكامن الكتل الحيوية.
• تثمين النفايات العضوية لأغراض طاقوية.

هذا القسم يتكون من أربع فرق بحث:

• فرقة التحويلات الحيوية.
• فرقة الأنظمة الحرارية الشّمسية المُدمجة في المباني في الوسط الصحراوي.
• فرقة تطبيق الطاقة الشّمسية الحرارية في التحويلات الغذائية والفلاحة الصحراوية.
• فرقة تحلية المياه الجوفية المالحة في المناطق الصحراوية.